Joseph Haydn war von 1761 bis 1790 Kapellmeister am Hof der Fürsten Esterházy. Als er 1761 nach Eisenstadt übersiedelte, wohnte er zunächst im so genannten "Musikerhaus" neben der Bergkirche.
 
Bis 1796 war die Schlosskirche das geistliche und auch kirchenmusikalische Zentrum, in dem die Kirchenmusikwerke von Joseph Haydn zur Aufführung gelangten. Am 4. September 1796 wurde eine "Doppelpfarre" errichtet. Schloss- und Bergkirche erhielten den Charakter einer Pfarrkirche, wurden jedoch von einem Pfarrer betreut. Die sechs späten Messen von Joseph Haydn, ab 1796 für den Namenstag der Fürstin Maria Josepha Hermenegild Esterházy komponiert, wurden unter der Leitung des Komponisten in der Bergkirche aufgeführt.
 
Noch zu Lebzeiten Haydns stattete Ludwig van Beethoven im Jahre 1807 dem Kalvarienberg einen Besuch ab und dirigierte in der Bergkirche seine vom Fürsten Nikolaus II. beauftragte "Messe in C-Dur".
 
Joseph Haydn starb am 31. Mai 1809 in Wien und wurde auf dem Hundsturmer Friedhof bestattet. Fürst Nikolaus II. Esterházy ließ 1820 die Gebeine des Tonkünstlers nach Eisenstadt überführen (siehe "Haydnmausoleum").
 
Seit der Überführung des Haydn - Craniums 1954 lassen sich nunmehr zwei "Wallfahrtsziele" auf dem Oberberg beobachten: Der Kalvarienberg mit der Kapelle Maria Einsiedeln (heute "Gnadenkapelle" genannt) und die Bergkirche, nunmehr auch als "Haydnkirche" bekannt. Sind die Besucher des Kalvarienberges zumeist Gläubige, der Muttergottes zugewandte Menschen, so finden sich in der Bergkirche Musikinteressierte, Musikensembles und Musikchöre aus aller Welt ein, um dem "genius loci" Joseph Haydn zu huldigen. Von 1898 bis 1944 wurden in dieser Kirche jährlich am Karfreitag von Musikern des Ödenburger Haydn - Mozart - Beethoven - Klubs Haydns Karfreitagsoratorium "Die sieben Worte des Erlösers am Kreuz" aufgeführt. Als nach dem Zweiten Weltkrieg die Grenze nach Österreich hermetisch abgeschlossen worden war, übernahm diese ergreifende Darbietung 1946 das Wiener Zupancic - Quartett. Diese kostbare Tradition wird von einem Ensemble der Wiener Philharmoniker, das bis zum Jahre 1996 vom ehemaligen Vorstand der Wiener Philharmoniker Prof. Wilhelm Hübner geleitet wurde, und Sängern des Wiener Staatsopernchores fortgesetzt.

Die musikalische Begleitung von Festmessen mit Musik von Joseph Haydn wurde seit 1947 vom Kirchenchor der Bergkirche unter der Leitung von Leopold Scholz und wird vom Chor der Haydnkirche seit 1976 unter Josef Bauer und seit 2012 unter der Leitung von Linde Devos gepflegt.